يقع مسجد عثمان بن عفان في الطرف الجنوبي من حارة المظلوم في منطقة مرتفعة، شمال مسجد المعمار. يحده من الجنوب زقاق غير نافذ، ومن الغرب زقاق النوري المؤدي إلى طلعة الجمجوم ومسجد المعمار، ومن الشمال شارع نافذ، ومن الشرق السكة غير النافذة.

يتميز المسجد بموقعه بين بيوت عائلات جدة التاريخية مثل بيت تميرك وبيت مكي وبيت جمجوم. يُعتبر المسجد المكان المفضل للصلاة وإقامة الحلقات العلمية للإخوة النجديين منذ النصف الثاني من القرن الثالث عشر الهجري.

أقدم تحديد لموقع المسجد يعود إلى خريطة مؤرخة في عام 1298هـ/1881م. ويسمى أيضا مسجد الأبنوس نسبة إلى وجود شجرة الأبنوس عند المحراب، وقد قام ببنائه "عكاش أباظة" وجدد بناؤه في عام 1280هـ/1863م وأخيرًا في عام 1379هـ/1960م.

يحيط بالمسجد العديد من الدكاكين التي تعود له والموقوفة على عمارته. يتميز المسجد بمئذنته القديمة التي كانت تأخذ شكل المسلة وتم تحديثها مؤخرًا.

يعد مسجد عثمان بن عفان أحد المعالم البارزة في جدة التاريخية، حيث يُعرف بتاريخه العريق ودوره في الحياة الاجتماعية والدينية للمدينة.